Действие Sonic Generations развернётся в трёх эпохах серии Sonic the Hedgehog: Классической, эпохе Dreamcast и Современной. Игрок должен управлять одним из двух Соников: Классическим (англ. Classic Sonic, внешностью 1991—1998 годов) или Современным (англ. Modern Sonic, дизайном, используемым после 1998 года). Помимо внешнего вида, у каждого из Соников будет свой стиль геймплея, соответствующий его игровой эпохе.
2045 год. Мир изменился. И, как обычно, не в лучшую сторону. Транснациональные корпорации жестко контролируют все сферы жизни общества. Простой человек для них – не более чем пылинка на ветру. Он теряет родителей в детстве, он надрывается за копейки на стройке очередного офиса, и даже оттуда его увольняют.Он пытается протестовать — у него отбирают персональную карту гражданина, фактически вычеркивая из списка живых – теперь он не сможет устроиться на работу. Но он не одинок в своей участи. Сумеют ли пылинки стать пыльной бурей, что сметет на своем пути троны тиранов? Эта история – о людях не столь удачливых. О тех, кого едва не перемололи жернова судьбы